El confinament va eliminar les variants de coronavirus circulants durant la primera ona a Espanya

  • Parc Científic
  • 31 d’agost de 2021
 
L'equip de la Universitat i Fisabio
L'equip de la Universitat i Fisabio

El consorci SeqCOVID, liderat per la Universitat de València, la Fundació per al Foment de la Investigació Sanitària i Biomèdica de la Comunitat Valenciana (Fisabio) i l'Institut de Biomedicina de València (IBV-CSIC), publica a Nature Genetics els estudis més complets sobre les variants del coronavirus que van dominar les primeres ones a Espanya.

Any i mig després de la irrupció de la pandèmia de COVID-19 apareix l'estudi científic més complet sobre les variants del coronavirus que van circular per Espanya durant la ‘primera ona’. Publicat per Nature Genetics, el treball identifica nou variants del virus que van dominar la pandèmia entre els mesos de març i juny de 2020. Entre aquestes, les dues més comunes procedien d'un llinatge del SARS-CoV-2 abundant en països asiàtics en aqueix moment, encara que el virus es va introduir principalment per contactes procedents de països europeus amb més de 500 introduccions, segons l'estudi. El treball conclou que el confinament imposat va servir per a reduir dràsticament la transmissió d'aquestes variants, fins i tot de les més contagioses, que van ser substituïdes per unes altres a partir de l'estiu de 2020 quan es van relaxar les mesures de control.

L'estudi va utilitzar 2.500 mostres de pacients diagnosticats a Espanya durant la primera ona de la pandèmia, recollides per 40 hospitals i seqüenciades pel consorci SeqCOVID, un equip d'investigació integrat per més de 50 institucions espanyoles i centenars d'investigadors liderats per la Universitat de València, l'Institut de Biomedicina de València (IBV, CSIC) i la Fundació per al Foment de la Investigació Sanitària i Biomèdica de la Comunitat Valenciana (Fisabio). Les mostres analitzades suposen un 1% de tots els casos diagnosticats en la primera ona (el 14% abans del confinament).

L'equip va identificar 9 variants del virus (denominades SEC, de l'anglés Spanish Epidemic Clades), que van ser les que van dominar aquesta primera ona a Espanya. Dos d'aquestes (SEC7 i SEC8) van ser les primeres detectades al país i les predominants durant aqueix període, i s'associen almenys a dos esdeveniments de superdispersió coneguts: el partit Atalanta-València de la Champions League i un funeral de Vitòria, encara que s'identifiquen focus primerencs en altres parts del país. No va haver-hi una única introducció del virus a Espanya sinó múltiples entrades independents (almenys 500), des de diferents orígens internacionals. Aquestes es van donar principalment durant febrer i març de 2020, abans de la implementació de les mesures de control.

Els esdeveniments de superdispersió i la mobilitat, claus en les diferents ones

“La majoria d'infeccions de la primera ona abans del confinament a Espanya van ser provocades per ceps del llinatge A del coronavirus. Aquestes eren abundants als països asiàtics en aquell moment, però tenien menys presència en la resta de països europeus, on dominaven ceps de llinatge B. Això no vol dir que les introduccions de SARS-CoV-2 al nostre país anaren majoritàriament asiàtiques. En realitat, veiem que la majoria d'introduccions provenen de països europeus, però els ceps de llinatge A se van establir abans i, gràcies a esdeveniments de superdispersión, es van expandir al nostre país ràpidament”, explica Álvaro Chiner, un dels investigadors de l'IBV que va participar en l'estudi.

L’equip va observar un patró similar per a la variant que va dominar en la segona ona (denominada 20E(EU1)), que acaben de publicar a Nature. Aquesta variant es va expandir ràpidament a Espanya ajudada per esdeveniments de superdispersió i va acabar dominant la segona ona a Espanya i gran part d'Europa, associada a la mobilitat de l'estiu. “Aquesta és una lliçó que no hem aprés de l'estiu passat” afirma Fernando González Candelas, catedràtic de la Universitat de València, investigador en Fisabio i un dels coordinadors de SeqCOVID.

Confinament eficaç

A més, el treball de la primera ona publicat a Nature Genetics quantifica l'efectivitat de les mesures implementades per al control del virus durant la primera ona. Totes les variants identificades van reduir la seua prevalença i transmissió significativament a partir de l'estat d'alarma. Pràcticament van desaparéixer al final de la primera ona i van ser reemplaçades per noves variants que van sorgir en l'estiu, quan es van relaxar les mesures de confinament.

“El confinament va ser altament efectiu per a parar la transmissió del virus. No sols per a les variants dominants SEC7 i SEC8, sinó per a totes les que circulaven en aquell moment, incloent aquelles que contenien la mutació del gen S anomenada D614G, que va ser la primera que va demostrar incrementar la transmissibilitat del virus”, remarca Mariana López, investigadora a l'IBV i coautora de l'estudi.

“Una cosa similar estem veient a partir de les ones. Estem detectant variants més transmissibles, però el seu impacte es pot controlar amb les mesures de control adequades. Allà on aqueixes mesures no han existit o són més relaxades les variants han agreujat els rebrots. Va ocórrer al Regne Unit amb la variant Alpha i està ocorrent a Espanya amb Delta” indica Iñaki Comas (IBV, CSIC).

Vigilància genòmica durant les següents ones

Segons l'equip de recerca del consorci SeqCOVID, els resultats d'aquest treball, així com el de la segona ona publicat recentment a Nature, demostren la necessitat d'incorporar l'epidemiologia genòmica com una eina més de salut pública per a rastrejar el virus i identificar les variants de major impacte. “La vigilància activa de mutacions virals ha de continuar per a poder avaluar l'amenaça de noves variants amb riscos potencials per a controlar l'epidèmia. Aqueix és un dels objectius que ens hem posat dins de la Plataforma Temàtica Interdisciplinària de Salut Global del CSIC” comenta Mireia Coscollá, investigadora de la Universitat de València en l'Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio, CSIC-UV) i una de les coordinadores de l'estudi.

El treball de SeqCOVID ha contribuït a la creació d'una Xarxa de Vigilància Genòmica Nacional dirigida pel Centre de Coordinació de Alertas i Emergències Sanitàries (CCAES) i coordinada per l'Institut de Salut Carles III (ISCIII). Aquesta xarxa està totalment integrada dins de les labors assistencials dels hospitals.

Referències:
Autors, The first wave of the COVID-19 epidemic in Spain was associated with early introductions and fast spread of a dominating genetic variant, Nature Genetics, DOI:
Hodcroft, E.B., Zuber, M., Nadeau, S. et al., Spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020, Nature (2021). DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03677-y

Arxivat en: Covid