Les línies d´investigació del Programa de Doctorat es classifiquen en els següents grups: 

· Prehistòria i Arqueologia

· Art i simbolisme de la Prehistòria Mediterrània Occidental

· Les transicions en el Paleolític Mediterrani Occidental: aspectes culturals, econòmics i paleoambientals

· La transició Neolítica en el Mediterrani Occidental i les seues conseqüències

· Arequeologia del territori/paisatge (en comú amb l´arqueologia)

· Bioarqueologia

· Arqueologia clàssica

· Arqueologia ibèrica

· Arqueologia Fenícia i Púnica

· Numismàtica antiga

 

· Historia Antiga

· Ètnia, identitat i imatge dels pobles del Mediterrani antic

· Dones i societat del Mediterrani antic

· Literatura popular i meravelles en el Mediterrani antic

· Vies de comunicació en l’antiguitat

 

· Ciències i tècniques historiogràfiques

· Edició crítica de textos medievals

· Descripció i anàlisi de fons bibliogràfics i documentals

· Pràctiques d’escriptura i lectura en el món occidental

· Les institucions memòria de la cultura occidental

 

· Historia Medieval

· Les xarxes econòmiques del Mediterrani Occidental

· Proveir una capital. Centralitat política i econòmica de la ciutat de València

· Transformació dels sistemes agrícoles en el món mediterrani

· Inquisició i conversos a la Corona de Aragó

 

· Història Moderna

· Transformacions econòmiques i relacions socials en l´Edat Moderna al Mediterrani Occidental

· Les elits socials i les relacions de poder en el Mediterrani Occidental en l´Edat Moderna

· Corrents intel·lectuals i manifestacions culturals del Mediterrani Occidental en l´Edat Moderna

 

· Geografia

· Anàlisi de l´entorn físic i dels seus processos en ambients mediterranis

· Anàlisi, planificació i gestió de la terra en les regions mediterrànies

· Estudi dels paisatges naturals i culturals a la conca mediterrània

· Patrimoni natural i cultural del Mediterrani